Ο Βούλγαρης αν και υπήρξε από τους συστηματικότερους εισηγητές των
δυτικών επιστημών στον ελλαδικό χώρο, παρέμεινε σε όλη του τη ζωή πιστός στην
αντίληψη ότι η αυθεντία των Γραφών βρίσκεται πάνω από κάθε άλλη γνωσιακή
θεώρηση του κόσμου. Μεταφράζει Βολταίρο και παράλληλα συγγράφει ένα δοκίμιο
περί ανεξιθρησκίας, όπου εξετάζει δύο μορφές ελευθερίας: την ελευθερία της
σκέψης και την ελευθερία της μελέτης: Όσον αφορά την ελευθερία της σκέψης κάνει
μία πολύ σημαντική παραχώρηση: ότι όσον αφορά τις ανθρωπιστικές τέχνες και
επιστήμες μπορεί να υπάρχει πλήρης ελευθερία, κάτι που όμως δεν ισχύει όσον
αφορά τις Γραφές, γιατί «όταν η ψυχή προσπαθεί να δει με άλλο φως όσα λένε οι
Γραφές, τότε τυφλώνεται και περιπλανιέται» (δόγμα επί της φιλοσοφικής
πρακτικής). Αντίστοιχα όσον αφορά την ελευθερία της μελέτης αυτή πρέπει να
είναι απεριόριστη όταν πρόκειται για τη μελέτη των Γραφών και των πατερικών
κειμένων, όχι όμως και όταν πρόκειται για τα έργα των ετερόδοξων και κακόβουλων
συγγραφέων, επειδή το ελάχιστο καλό σε αυτά τα έργα είναι ανάμεικτο με το
περισσότερο κακό.