Ο φιλόσοφος εμφανίζει τη φιλοσοφία του όχι ως αυθαίρετη και υποκειμενική κατασκευή, αλλά ως έκφραση λόγου που διέπει και κατευθύνει τα πάντα, παρόλο που μένει απρόσιτος στους πολλούς. Η δυσκολία κατανόησης της σκέψης του, δεν οφείλεται σε δική του ιδιορρυθμία, αλλά στην αδυναμία των πολλών να κατανοήσουν, όχι τα λόγια του, αλλά τον ίδιο τον λόγο. Το έργο του είναι μια μορφή αποκάλυψης του ίδιου του λόγου. Τι είναι όμως ο Λόγος; Για τον Ηράκλειτο, σημαίνει, την ομιλία, την προφορική έκφραση. Τη ρυθμιστική εκείνη αρχή που διέπει το σύνολο της πραγματικότητας και συνδέει με σχέσεις αναλογίας όλα τα όντα (η «αναλογία» ετυμολογικά προέρχεται από τον «λόγο»).
Ο Ηράκλειτος θέλει να αφυπνίσει και να οδηγήσει τον άνθρωπο στη συμφωνία και «ομο-λογία» προς τη λογική σχέση που καθορίζει και συνδέει τη βαθύτερη φύση των πραγμάτων. Θέμα του δεν είναι μόνο τα φυσικά όντα (θέμα των Μιλησίων φιλοσόφων), αλλά τα «λόγια και έργα».
Ο λόγος αφορά τόσο τον φυσικό μακρόκοσμο όσο και τον ανθρώπινο μικρόκοσμο.
Ακόμη και η κοινωνική συμβίωση συλλαμβάνεται από τον Ηράκλειτο σε μια αναλογία προς το κοσμικό γίγνεσθαι και στηρίζεται εξίσου σε μια κρυφή ενοποιό δύναμη καθώς «όλοι οι ανθρώπινοι νόμοι τρέφονται από έναν, τον θείο». Πώς εκφράζεται η συμφωνία προς το λόγο; Ο Ηράκλειτος διακρίνει την ουσιαστική και βαθιά γνώση από την «πολυμάθεια» και την επιφανειακή προσέγγιση των πραγμάτων. Η επίγνωση της ενότητας των πάντων και η σύλληψη του λόγου ως «κοινού» στοιχείου μεταξύ τους, βρίσκεται στον πυρήνα της συμφωνίας με αυτόν.