Στις 11 Νοεμβρίου του 1826 η Αίγινα έγινε κυβερνητική έδρα, η πρωτεύουσα του νεοσύστατου κράτους. Από εδώ αρχίζει η σύνταξη της νεοελληνικής πολιτείας. Ιδρύεται το πανελλήνιο, διορίζονται υπουργοί, οργανώνονται οι δημόσιες υπηρεσίες και εκδίδονται τα πρώτα διατάγματα του Κυβερνήτη. Η Αίγινα γίνεται κέντρο διοικητικό, εμπορικά, πνευματικό. Ο πληθυσμός της ολοένα αυξάνεται. Τώρα στην Αίγινα συναντάς ντόπιους, ξένους, Μωραΐτες, Ρουμελιώτες, Νησιώτες αλλά και Μικρασιάτες και Μακεδόνες. Ο Edward Quient υπολογίζει ότι στα 100 άτομα που ζούσαν τότε στην Αίγινα, οι 30 ήταν ντόπιοι και οι 70 πρόσφυγες.Το 1827 ο Καποδίστριας αναχώρησε για την Αμερική με σκοπό να συγκεντρώσει χρήματα και άλλα εφόδια για την Ελλάδα. Γυρίζει τον Νοέμβριο του 1828 φέροντας μαζί του τρόφιμα, ρούχα και χρήματα που μοιράζει στους πεινασμένους της Αίγινας.